新疆冠農果茸股份有限公司是由新疆生產建設兵團農業建設第二師二十八團、二十九團、三十團、農二師永興供銷有限責任公司、農二師天潤農業生產資料有限責任公司五家國有法人單位于1999年12月30日聯合發起設立的股份有限公司。2003年5月26日經中國證監會核準，成功發行了4000萬社會公眾股，募集資金2.16億元。2004年6月，公司實施資本公積每10股轉增5股方案，公司總股本由12000萬股增至18000萬股。2008年3月，公司實施資本公積每10股轉增3股方案，公司總股本由18000萬股增至23400萬股。
2004年，公司被國家農業部等八部委確認為“農業產業化國家重點龍頭企業”;2005年，被兵團評為“兵團農業產業化經營優秀龍頭企業”; 2006年，被國家林業局確認為“林業產業化龍頭企業”;2006年11月，被國家商務部確認為“雙百市場工程”流通企業。
公司目前擁有7個控股子公司、2個參股公司。7個控股子公司分別為：新疆冠農果蔬食品有限責任公司，巴州冠農棉業有限責任公司，新疆綠原糖業有限公司，新疆冠農天府房地產開發有限公司，庫爾勒冠農綠城果業有限責任公司，新疆冠農進出口有限公司，新疆冠農科技有限公司。2個參股公司為：國投新疆羅布泊鉀鹽有限責任公司（冠農股份持有20.3%的股權）、國電新疆開都河流域水電開發有限公司（冠農股份持有25%的股權）。
2008年5月21日，公司向5家特定對象的境內投資者以58元/股非公開發行股票740萬股，實際募集資金4.09億元。每股58元（以1.8億股復權發行價為75.4元/股），創中國證券市場非公開發行價之最，表明資本市場對冠農股份的充分信任，對冠農股份產業發展的信心。募集資金到位后，冠農股份將投資17361萬元參與國投羅鉀增資擴股用于補充120萬噸鉀肥項目建設資本金，投資8375萬元參與開都河水電公司增資擴股，用于補充察汗烏蘇30萬KW水電站項目建設資本金，投資6356萬元對全資子公司綠原糖業增資，用于3萬噸酒精技術改造項目，投資8000萬元用于補充公司流動資金。
冠農股份上市后，依托新疆豐富的果蔬資源、礦產、水電資源，積極融入到優勢資源轉換戰略中去，構建了以果蔬加工、甜菜制糖、棉花加工為主體的農業資源開發板塊和以鉀鹽開發、開都河水電開發為主體的礦產、水電資源開發板塊，形成了超常規、跨越式發展的產業格局。增發項目的完成，將為冠農股份的產業發展奠定堅實的基礎，促冠農產業騰飛。